Christianizácia Yaquis bola to, čo umožnilo rehoľníkom rozšíriť sa v roku 1609 a preniknúť na územie Sonory.
Počas kolónie zodpovedala Sonora iba svahom pohoria Sierra Madre Occidental, zahrnutým v medziach tohto subjektu. Región, ktorý sa rozprestieral na sever od rieky Yaqui, vrátane Realu de la Cieneguilla, sa volal Pimería Baja a najsevernejší región od tohto Realu po rieku Colorado - už v súčasnom severoamerickom štáte Arizona - sa volal Pimería Alta.
Súčasné územie Sonoranu zahŕňa aj malý región na juhozápade od vtedy známeho ako Pimería, ktorý sa nachádza v štáte Chihuahua a Ostimuri, miesto ležiace na pobreží Kalifornského zálivu, medzi riekami Mayo a Yaqui.
V roku 1614 misionári Pérez de Rivas a Pedro Méndez pokresťančili Mayov v oblasti Ostimuri a rozdelili ich na tri okresy: Santa Cruz (pri ústí Maya), Navojoa a Tesia.
Tepahues boli začlenené spolu s Cornicaris v roku 1620. Páter Miguel Godínez založil misie San Andrés de Cornicari a Asunción de Tepahui . V tom istom roku bol založený rektorát San Ignacio, ktorý okrem piatich vyššie spomenutých misií zahŕňal aj misie Bacúm, Torín a Rahún, ktoré sa nachádzali pri ústí Yaqui.
V roku 1617 konvertovali Yaquis rodičia Pérez de Rivas a Tomás Basilio. Napriek utrpeniam povstaní, nepokojov, múk a vrážd bola premena Sonory rýchlejšia a konsolidovanejšia. Do 17. storočia sa jezuiti rozšírili a založili misiu Maycoba a Yecora v juhozápadnej časti známej ako Chínipas.
Misie od rieky Yaqui na sever boli rozdelené do štyroch rektorátov: San Borja zoskupila misie: Cucumaripa a Tecoripa , založená v roku 1619; Movas a Onovas, 1622; Sahuaripa v roku 1627; Matape v roku 1629; Onapa v roku 1677 a Arivechi , v roku 1727. Rektorát troch svätých mučeníkov Japonska, ktorý zahŕňal Batuco založený v roku 1627, Oposura v roku 1640 a Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca a San Miguel Bavispe , založená v roku 1645. A rektorát San Javier, ktorý integroval misie Ures v roku 1636; Aconchi, Opodepe a Banámichi v roku 1639; Cucurpe a Arizpe v roku 1648 a Cuaquiárachi v roku 1655.
V roku 1687 vstúpil misionár Eusebio Francisco Kino do Pimería Alta a začal misie Rektorátu Nuestra Señora de los Dolores a založil: Caborca, do ktorého bol pridelený Francisco Javier Saeta, ktorý udržuje korešpondenciu s jeho duchovnou podporou, otcom Kino; Atil, Tubutama, Sedembolestná Panna Mária de Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdaléna, San Ignacio, Cocóspera a Imuris.
Po vyhnaní jezuitov mali misie na starosti františkáni, ktorí sa už viac nestavali a obmedzili sa iba na snahu zachovať tie existujúce. Keď už jezuiti založili osady v Sinaloa a Sonore, obrátili zrak na kalifornské územie.
