Archeologické pozostatky Ixtépete, ceremoniálneho centra neďaleko mesta Guadalajara v obci Zapopan a nedávne nálezy viac ako dvadsiatich šáchtových hrobiek v údolí Atemajac, nám umožňujú usudzovať, že v klasickom období (200 rokov) existovali dôležité zamestnania BC-650 n. L.)
Krátko pred dobytím údolie z veľkej časti obývali skupiny Cocas a Tecuexes zhromaždené v malých dedinách závislých od panstva Tonallan, ktoré bez väčšieho odporu predložil v roku 1530 Nuño Beltrán de Guzmán.
Na konci nasledujúceho roku Guzmán podmanil dobytie smerom na sever a poveril Juana de Oñate, aby prešiel cez roklinu rieky Santiago a podľa možnosti, ale s rozvahou, našiel španielske obyvateľstvo bez toho, aby sa odhalil. Takto bola 5. januára 1532 neďaleko Nochistlánu, v dnešnom Zacatecas, založená Guadalajara.
Podmienky nepriaznivé pre osadníkov spôsobili presun tohto mesta do Tonalá. Pobyt tam však bol krátkodobý a čoskoro potom, čo sa Hispánci usadili blízko Tlacotanu, kde zotrvali až do roku 1541. Povstanie caxcanes známejších ako vojna Mixtón, ktorá Španielsku vládu vystavil vážnemu nebezpečenstvu, dostal sa na predmestie Guadalajary. Po vzbure potlačenej „ohňom a krvou“ mocnou armádou pod vedením miestokráľa Antonia de Mendozu dosiahlo mesto mier, ale zostalo bez domorodej práce, a tak sa pri hľadaní tohto rozhodnutia rozhodlo presunúť obyvateľstvo a nájsť adekvátne Valle de Atemajac, kde bol posledný a definitívny základ založený 14. februára 1542. Neskôr sa potvrdila správa, že takmer tri roky predtým mu kráľ udelil mestu hodnosť a výsady.
V roku 1546 vytvoril pápež Pavol III. Biskupstvo v Nuevskej Haliči a v roku 1548 bola ustanovená rovnomenná Audiencia; Sídlom oboch jurisdikcií bolo pôvodne v Compostele v Tepicu, až kým v roku 1560 nebola nariadená zmena na Guadalajaru, čo z nej urobilo sudcovského šéfa rozsiahleho územia, ktoré sa vtedy nazývalo Audiencia v Guadalajare, hlavné mesto kráľovstva Nueva Galicia a sídlo biskupstva. Pretože každé španielske mesto bolo zostavené ako šachovnica z námestia San Fernando a tiež ako to bolo zvykom, pôvodné štvrte Mexicaltzingo, Analco a Mezquitán boli z plánu vynechané. Proces evanjelizácie začali františkáni, nasledovali augustiniáni a jezuiti.
Postupne, s ťažkosťami a neúspechmi, ale aj s úspechmi, sa Guadalajara rozrastala a etablovala ako hospodárske a mocenské centrum, a to tak, že v polovici 18. storočia značný počet bohatých ľudí z Guadalajary chcel, aby Nueva Galicia a Nueva Vizcaya integrovali úplne zahraničnú viceroyalitu. do Nového Španielska cieľ, ktorý sa nedosiahol, pretože na obzore boli politicko-správne reformy z roku 1786, ktoré zmenili územnú štruktúru a rozdelili celú miestodržiteľskú obec na 12 obcí, z ktorých jedna bola Guadalajara.
Počas kolónie, najmä v 18. storočí, zanechal hospodársky rozmach architektonické, kultúrne a umelecké dedičstvo, ktorého svedectvá stále pretrvávajú v celom meste.
Vzduchy podporujúce nezávislosť, ktoré prebiehali na celom území nového Španielska, prenikli do Jalisca, takže keď vypukla vojna za nezávislosť v rôznych častiach obce, došlo k povstaniam.
26. novembra 1810 Don Miguel Hidalgo, veliaci početnej armáde, vstúpil do Guadalajary a prijal ho José Antonio Torres, ktorý sa krátko predtým zmocnil mesta. Tu Hidalgo vydal dekrét o zrušení otroctva, opečiatkoval papier a alcabaly a sponzoroval tlač povstaleckých novín El Despertador Americano.
17. januára 1811 boli povstalci porazení na moste Calderón a monarchistické jednotky v Calleji dobyli Guadalajaru na základe velenia Josého de la Cruz, ktorý spolu s biskupom Cabañasom ničil akékoľvek vypuknutie povstania.
V roku 1821 bola vyhlásená nezávislosť. Bol postavený slobodný a zvrchovaný štát Jalisco. Guadalajara zostala hlavným mestom štátu a sídlom mocností.
Nestabilita, ktorá v krajine vládla takmer celé devätnáste storočie, ktorú ešte zhoršili zahraničné invázie, to sťažovala, ale nezabránila štátu a najmä jeho hlavnému mestu v ďalšom vývoji v rôznych rádoch. Hmatateľné príklady sú: v druhej štvrtine storočia vznik Ústavu štátnych vied; výstavba Školy umeleckých remesiel, Botanická záhrada, Penitenciár a Betlehemský panteón, ako aj otvorenie prvých tovární.
Na začiatku osemdesiatych rokov sa začali objavovať mestské električky so zvieracím pohonom, elektrické svetlo bolo inštalované v roku 1884, v roku 1888 dorazila prvá železnica v Mexiku a železničná trať Manzanillo v roku 1909. V deväťdesiatych rokoch založil Don Mariano Bárcena Astronomické observatórium a priemyselné múzeum.
Počas revolúcie došlo v Guadalajare k niektorým rebelom proti díazatskej diktatúre, napríklad štrajkom robotníkov a študentským protestom. Madero bol dokonca prijatý v rokoch 1909 a 1910 s veľkým prejavom sympatií. Nasledujúce udalosti však nenastali. Na druhej strane hlavné mesto Guadalajary utrpelo akúsi stagnáciu, ktorá sa skončila v roku 1930, keď bol dohodnutý mier narušený vojnou Cristeros, a začala túžba po modernizácii, ktorá sa neskončila.
Pozri tiež Koloniálne mestá: Guadalajara, Jalisco
