Mestská štruktúra tohto mesta, postavená na svahoch kopcov, sa musela prispôsobiť topografickým aspektom terénu, hoci sa snažila rešpektovať retikulárny tvar ako šachovnica.
Tento aspekt mu nakoniec umožnil merateľne a harmonicky rásť, čo si v priebehu storočí zachovalo svoj pôvodný charakter. Jej základ vznikol z potreby chrániť a strážiť cestujúcich, ktorí prechádzali medzi Zacatecasom a hlavným mestom vtedajšieho kráľovstva Nového Španielska a prepravovali hlavne nerasty a boli obkľúčení domorodými nomádmi z národa Chichimeca. Okolo roku 1542 sa Fray Juan de San Miguel založil v blízkosti súčasného mesta mesto s menom Itzcuinapan, ktoré zasvätil archanjela San Miguela ako patróna. Táto primitívna populácia mala okrem neustálych a násilných útokov domorodých Čichimekov na okolité oblasti vážne problémy s dodávkou vody. Z tohto dôvodu obyvatelia Villa de San Miguel presunuli osadu o niekoľko kilometrov na severovýchod; to bolo miesto, kde v roku 1555 založil Don Ángel de Villafañe na žiadosť miestodržiteľa Dona Luisa de Velasca Villa de San Miguel el Grande. Miestodržiteľ tiež požadoval, aby sa tam usadili španielski susedia, ktorým by bola poskytnutá pôda a dobytok, zatiaľ čo pôvodným obyvateľom, ktorí v nej žili, bola odpustená pocta a boli by riadení ich vlastnými šéfmi, aby sa zabránilo budúcim povstaniam.
8. marca 1826 ho štátny kongres zmenil na mesto a na počesť slávneho povstalca, ktorý sa tam narodil v roku 1779, zmenil názov, ktorý sa odteraz bude nazývať San Miguel de Allende.
Vo vnútri tohto atraktívneho koloniálneho obrazu je umiestnených niekoľko skutočne pozoruhodných palácov tej doby. Medzi najvýznamnejšie patrí Mestský palác, pôvodne radnica postavená v roku 1736. Dom, kde sa narodil Ignacio Allende, je ukážkou barokovej architektúry mesta, najmä na jeho fasáde, a v súčasnosti je ním Regionálne múzeum. Kanál Casa del Mayorazgo de la Canal s nádhernou neoklasicistickou fasádou bol dokončený koncom 18. storočia Josepom Marianom de la Canal y Hervas, radným, dekanom a kráľovským práporcom. Starý kaštieľ Dona Manuela T. de la Canal, stavba z roku 1735, ktorá bola renovovaná podľa projektu slávneho španielskeho architekta Dona Manuela Tolsého v roku 1809; v budove sa v súčasnosti nachádza inštitút Allende a vyzdvihuje šírku vnútorných nádvorí, nádhernú kaplnku a mimoriadne klenby. Dom inkvizítora, ktorý slúžil ako rezidencia komisára Svätého úradu, pochádza z roku 1780. Dom Marqués de Jaral de Berrio postavený na konci 18. storočia a dom grófov z Loja s elegantnou fasádou.
Pokiaľ ide o náboženskú architektúru, mesto sa môže pochváliť aj architektonickými skvostmi mimoriadnej hodnoty, ako je kostol a kláštor Santo Domingo, triezva budova z roku 1737. Kláštor Leal de la Concepción, ktorý je v súčasnosti kultúrnym centrom, Je to pozoruhodná budova pre svoju obrovskú terasu; Postaviť ho dal v 18. storočí architekt Francisco Martínez Gudlño.
Kaplnka Santa Cruz del Chorro, jedna z najstarších; chrám tretieho rádu, pochádzajúci zo začiatku sedemnásteho storočia. Prekrásny súbor chrámu a oratória San Felipe Neri zo začiatku 18. storočia; kostol má bujnú barokovú fasádu v ružovom lome a zdobenú výrazným pôvodným vplyvom. Jeho interiér má pestrú a bohatú výzdobu medzi nábytkom, sochami a obrazmi hodnými obdivu, okrem nádhernej kaplnky Santa Casa de Loreto a jej Camarín de la Virgen, ktoré sú vynikajúco vyzdobené a ktoré sú dôsledkom oddanosti markíza Manuela Tomás de la Canal. Neďaleko oratória sa nachádza chrám Panny Márie Zdravia postavený v 18. storočí so zapustenou fasádou korunovanou veľkou mušľou.
Medzi najatraktívnejšie v meste patrí aj chrám San Francisco z 18. storočia s krásnou fasádou Churrigueresque a slávna farnosť je takmer symbolom San Miguel de Allende; Aj keď jeho novogotická stavba je novšia, bol postavený na konštrukcii starého chrámu zo 17. storočia a plne rešpektuje jeho interiér a pôvodný plán.
Veľmi blízko mesta je svätyňa Atotonilco, stavba triezvych rozmerov z 13. storočia, ktorá vyzerá ako pevnosť a vo vnútri ktorej sú zachované cenné obrazy z rovnakého storočia.
