Kolonizácia týchto vzdialených krajín sa dosiahla vďaka neochvejnej vôli a neúnavnej práci skupiny jezuitských misionárov, ktorí sa s vedomím, že dobyvatelia nedokázali podmaniť domorodcov, rozhodli priniesť im evanjelium, čím dosiahli slovom čo ktoré sa nedosiahli pomocou zbraní.
Na konci 17. storočia teda z nadšenej iniciatívy jezuitu Eusebia Kina, ktorý získal povolenie od španielskych orgánov na výpravu admirála Isidra Atondo y Antillón, dorazili misionári na ostrov, ktorý sa vtedy považoval za ostrov, evanjelizovať svojich neskrotných obyvateľov. Na udelenie povolenia si Crown stanovila podmienku, že dobytie sa uskutoční v mene španielskeho kráľa, a že samotní misionári získajú zdroje na uskutočnenie tohto záväzku.
Prvú misiu, Santa María de Loreto, založil v roku 1697 otec José María Salvatierra, ktorý bol v Tarahumare a ktorý otec Kino navrhol vykonať veľké dielo. Santa María de Loreto bola viac ako sto rokov politickým, ekonomickým a náboženským hlavným mestom Kalifornie.
Počas nasledujúceho trištvrte storočia založili misionári reťaz osemnástich vynikajúcich pevností spojených takzvanou „kráľovskou cestou“, ktorú sami postavili, spájajúc región Los Cabos na juhu polostrova so súčasnou hranicou s našou hranicou sused na severe; To bolo možné, pretože medzi misionármi boli kapláni so znalosťami z oblasti stavebníctva a hydrauliky.
Niektoré z týchto impozantných stavieb prežijú v perfektnom stave, napríklad San Ignacio, jedno z najkrajších a najzachovalejších, postavené páterom Juanom Bautistom Luyandom v roku 1728; kostol San Francisca Javiera, založený v roku 1699, ktorý pozostával zo skromnej kaplnky adobe a kňazského domu postaveného Frayom Francisco María Piccolo; súčasnú budovu postavil v roku 1774 otec Miguel Barco a vďaka svojej nádhernej architektúre bola považovaná za „klenot misií Baja California Sur“; dedina Santa Rosalía de Mulegé, ktorú v roku 1705 založil otec Juan María Basaldúa, 117 kilometrov severne od Loreta, bola jednou z najlepšie položených, pretože bola postavená v oáze pri mori.
Misie kombinovali krásu architektúry a bohatosť výzdoby s praktickým prostredím, ktoré umožňovalo okolo nich zakladať stále sídla. Misionári nielen evanjelizovali domorodcov, ale naučili ich plodiť púšť ovocnými palmami; zaviedli hospodárske zvieratá a pestovanie kukurice, pšenice a cukrovej trstiny; Podarilo sa im dosiahnuť, aby krajina produkovala ovocné stromy, ako sú avokádo a figy, a aby dodržali náboženské rituály, ktoré si vyžadovali víno a olej, získali povolenie na pestovanie viniča a olivovníka, ktoré bolo vo zvyšku Nového Zélandu zakázané Španielsko a vďaka tomu sa dnes v regióne vyrábajú vynikajúce vína a olivový olej. A ak to všetko nestačilo, predstavili tiež prvé ružové kríky, ktoré v týchto krajinách prekvitali a ktoré dnes zdobia parky a záhrady celého polostrova.
