Dobytie Oaxaca bolo pomerne pokojné, pretože páni Zapotec a Mixtec si mysleli, že u Európanov nájdu spojencov potrebných na porazenie Aztékov.
Na druhej strane iné skupiny, ako napríklad Zapotekovia zo Sierry, Chontales a najmä Mixi, odolávali a uskutočnili pokračovanie vzbúr. Po svojom triumfe, ešte v 16. storočí, Španieli vyzliekli domorodcov zo svojich krajín a legalizovali túto akciu prostredníctvom encomiendas, mercedesov a divízií udelených kráľom, a tak od začiatku španielskeho dobytia načrtli nerovnováhu a nerovnosť, ktorá by vládla medzi španielskou a domorodou spoločnosťou.
Zneužitie kolonizátormi bolo také hojné, že veľká časť práce vykonanej dvoma Audienciami a miestodržiteľom Antoniom de Mendoza bola zameraná na obmedzenie moci markíza z Valle de Oaxaca Hernána Cortésa a moci encomenderov. Navrhli tak posilniť kráľovskú autoritu, a preto boli vyhlásené nové zákony (1542) a bola vytvorená komplexná správa. Úlohou evanjelizácie v oblasti Mixtecu a Zapoteca bolo dielo dominikánskeho rádu, ktorý budoval v zásade domorodé diela honosné kostoly a kláštory na miestach, kde boli sústredené veľké centrá obyvateľstva, ako napríklad Mesto Antequera, Yanhuitián a Cuilapan. .
Duchovné dobytie bolo radikálnejšie a násilnejšie ako dobytie vojsk. Aby si udržali kontrolu nad obyvateľstvom, dobyvatelia udržiavali s úpravami určité domorodé štruktúry, takže niektorým náčelníkom údolia Oaxaca a Mixteca Alta sa podarilo zachovať starodávne výsady a vlastnosti; Namiesto toho sa misionári usilovali o premenu národov Ameriky na kresťanstvo a zničili akékoľvek stopy po náboženstve predhispánskeho sveta.
Napriek demografickému poklesu pôvodného obyvateľstva spôsobenému epidémiami a zlým zaobchádzaním bolo 16. storočie hospodárskym rastom vďaka zavedeniu nových techník, plodín a druhov. Napríklad v spoločnosti Mixteca sa dosahovali dobré zisky z využívania priadky morušovej, hovädzieho dobytka a pšenice. K tomuto rastu prispel rozvoj mestského trhu a baní.
Tento blahobyt však prerušili problémy, s ktorými sa ťažba stretávala od roku 1590. Obchod medzi Sevillou a Amerikou sa znížil a pokles počtu obyvateľov spôsobil pokles spotreby miest a počet pracovných síl sa znížil na minimum.
V sedemnástom storočí nastala v období hospodárskej krízy definícia koloniálnych štruktúr, konsolidácia systému nadvlády a zavedenie mechanizmov závislej ekonomiky. Uplatňovanie monopolu a centralizovaného obchodného systému brzdilo regionálny hospodársky rozvoj, čo spôsobilo, že oblasti tak bohaté ako údolie Oaxaca zamerali svoje hospodárstvo na sebestačnosť aj napriek dôležitosti výroby a obchodu s kakaom, indigom a košenilou. .
Už v druhej polovici sedemnásteho storočia sa ekonomika Nového Španielska začala zlepšovať: ťažobná výroba sa odrazila, obchod so Strednou Amerikou a Peru bol opäť povolený a pôvodné obyvateľstvo sa začalo zotavovať. Do tejto doby sa Španieli žijúci v Mixtece a v údolí Oaxaca venovali chovu dobytka vo veľkých pomeroch a haciendy úspešne kombinovali produkciu pšenice a kukurice s chovom dobytka. Ekonomika kolónie bola reštrukturalizovaná v rokoch 1660 až 1692, čo položilo základy pre osvietenské storočie.
Nové Španielsko rastie a prosperuje vo veku osvietenstva. Územie sa zdvojnásobuje, počet obyvateľov sa strojnásobí a hodnota ekonomickej produkcie je šesťnásobná. Najlepším príkladom týchto pokrokov je ťažba, ktorá je ústrednou ekonomickou osou a ktorá síce zotročovala, ale z práce 3 300 000 pesos v roku 1670 na 27 000 000 v roku 1804 prešla.
Bohatstvo Nového Španielska sa prejavuje intenzívnou stavebnou činnosťou a prepadmi veľkoleposti baroka, práve vtedy v Antequere postavili okrem iného kaplnku ruženca kostola Santo Domingo, kostol sv. Soledad, San Agustín a Consolación.
18. storočie bolo storočím modernizácie politických a ekonomických reforiem, ktoré uskutočnili Bourbonskí králi.
Do roku 1800 sa Mexiko stalo krajinou mimoriadneho bohatstva, ale aj extrémnej chudoby, väčšina obyvateľstva bola pripútaná k statkom a komúnam, bolo s nimi zle zaobchádzané na obrajes, zotročovaní v baniach a mlynoch, bez slobody, bez peňazí. a bez akejkoľvek šance na zlepšenie.
Polostrov Španieli monopolizovali politickú a ekonomickú moc; Takéto podmienky sociálnej, ekonomickej a politickej nerovnosti hromadili napätie a nespokojnosť. Na druhej strane vplyv udalostí, ako je francúzska revolúcia, nezávislosť USA a anglická priemyselná revolúcia, otriasa americkým svedomím a v kreoloch sa začína rozvíjať myšlienka nezávislosti nového Španielska.
