Neustále vpády španielskeho dobyvateľa Dona Nuňa Beltrána de Guzmána do západných krajín krajiny, aby sa zvýšila jeho nadvláda a moc nad týmito územiami, vyústilo do založenia novej provincie s názvom Kráľovstvo novej Galície.
Región obývali rôzne domorodé skupiny, ktoré neustále pustošili osady, ktoré tam zakladali Španieli. Nadporučík Nuño de Guzmán, kapitán Juan B. de Oñate, dostal rozkaz upokojiť tieto provincie a založiť Villa de Guadalajara na mieste zvanom Nochistlán, čo sa uskutočnilo 5. januára 1532. Vzhľadom na časté domorodé útoky na mesto sa musel o rok neskôr presťahovať do Tonalá a neskôr do Tlacotlánu. Tretí prevod sa uskutočnil s cieľom usadiť sa v údolí Atemajac, kde bolo mesto s konečnou platnosťou založené 14. februára 1542 za prítomnosti Cristóbala de Oñate ako guvernéra Novej Haliče a Dona Antonia de Mendozu, potom miestodržiteľ Nového Španielska, ktorý vymenoval Miguela de Ibarru za starostu a guvernéra nadporučíka.
Mesto sa rýchlo rozvíjalo a začalo konkurovať mestu Compostela (dnes Tepic), ktoré bolo v tom čase sídlom náboženských a občianskych mocností, takže obyvatelia Guadalajary vyvíjali na úrady Audiencie taký tlak, že kráľ Felipe II. Sa rozhodol vydať osvedčenie z 10. mája 1560, aby sa mohol presťahovať z Compostely do Guadalajary, ku katedrále, kráľovskému dvoru a úradníkom štátnej pokladnice.
Mestská štruktúra bola naplánovaná podľa štruktúry ostatných koloniálnych miest, takže jej usporiadanie bolo vyvinuté vo forme šachovnice z námestia San Fernando. Neskôr boli štvrte Mexicaltzingo a Analco založené Frayom Antonio de Segovia a susedstvo Mezquitán, jedno z najstarších. Postavené boli aj radničné domy, oproti súčasnému chrámu San Agustín a prvému farskému kostolu, kde sa nachádza Justičný palác.
Dnes je toto nádherné mesto bohaté na koloniálne budovy a ponúka množstvo relevantných architektonických príkladov, napríklad katedrálu, ktorú musíte navštíviť, ktorú v rokoch 1561 až 1618 postavil architekt Martín Casillas. Jeho štýl bol klasifikovaný ako začínajúci barok. Jeho pevná stavba sa týči pred dnešným námestím Plaza de Guadalajara s kurióznymi vežami, ktoré síce nepatria do pôvodného štýlu budovy, ale v súčasnosti sú považované za symbol hlavného mesta Guadalajara. Primitívne veže boli zničené v 19. storočí zemetrasením, preto pribudli aj tie, ktoré má dnes. Interiér chrámu je semi-gotický, vrátane klenieb z čipky.
Ďalšími náboženskými okrskami zo 16. storočia sú kláštor v San Franciscu, založený v roku 1542 pri rieke v štvrti Analco a takmer úplne zničený počas reformácie. Zachovaný je jeho chrám, ktorý bol zrekonštruovaný na konci 17. storočia a má barokovú fasádu so skromnými šalamúnskymi líniami. Kláštor San Agustín, založený v roku 1573 kráľovským nariadením Felipe II., Si v súčasnosti zachováva chrám s priečelím silných herérskych línií a interiérom s rebrovanými klenbami.
Santa María de Gracia, ďalšiu z kláštorných nadácií, obsadili dominikánske mníšky z Puebly, postavené v roku 1590 pred námestím Plaza de San Agustín a hradené Hernánom Gómez de la Peña. Stavba začala zaberať šesť blokov, hoci dnes pretrváva iba jej chrám, s neoklasicistickou fasádou z druhej polovice 18. storočia.
