História mesta, ktoré sa pôvodne volalo Nové haličské kráľovstvo, pokračuje.
Nachádza sa tu tiež stará jezuitská vysoká škola Santo Tomás de Aquino, postavená v poslednom desaťročí 16. storočia a ktorú v roku 1792 obsadila univerzita. Z stavby zostal iba kostol, ktorý mal monumentálnu kupolu z minulého storočia a pripojenú loretánsku kaplnku postavenú v roku 1695 Juan María de Salvatierra. Chrám San Juan de Dios, ktorý bol pôvodne kaplnkou Santa Veracruz, postavený v 16. storočí Donom Pedrom Gómezom Maraverom, bol postavený v 18. storočí s barokovou fasádou triezvych charakteristík. Kostol La Merced s barokovým štýlom podobný kostolu San Juan de Dios, aj keď je zdobnejší, založili v 17. storočí mnísi Miguel Telmo a Miguel de Albuquerque.
Chrám La Soledad bol postavený na konci 17. a na začiatku 18. storočia na žiadosť Juany Romana de Torres a jej manžela, kapitána Juana Bautistu Pandura. Na mieste bolo bratstvo Panny Márie samoty a Božieho hrobu, ktoré zaberalo kaplnku zasvätenú San Franciscu Xavierovi. Chrám a škola v San Diegu, dielo storočia XVII; prvý s veľmi triezvou fasádou, ktorá už podľa všetkého patrí do neoklasicistického štýlu a druhý s nádhernou arkádou, ktorá zdobí jeho starý kláštor.
Kostol Jesús María, pripojený k rovnomennému kláštoru, bol založený v roku 1722; stále si zachováva svoje barokové fasády, na ktorých môžete vidieť veľké sochy predstavujúce chrám Sagrada Familia, Virgen de la Luz, San Francisco a Santo Domingo.
Na záver je dôležité zdôrazniť ďalšie tri náboženské stavby, ktoré sa ukázali ako najlepšie príklady vývoja koloniálnej architektúry v Guadalajare, každá svojho druhu, hlavne medzi 17. a 18. storočím. Takto máme kaplnku Aránzazu z polovice 18. storočia so zvedavou zvonicou a interiérom zdobeným nádhernými maľbami a churriguereskými oltárnymi obrazmi z rovnakého obdobia, ktoré sú považované za najlepšie v meste. Kláštor a kostol Santa Mónica, ktorý založil otec Feliciano Pimentel v prvej polovici 18. storočia; jeho chrám má dvojitý portál s bohatou výzdobou, ktorý je klasifikovaný ako najlepší príklad bujarého šalamúnskeho baroka. Chrám San Felipe Neri, postavený v roku 1766 architektom Pedrom Ciprésom, predstavuje súbor mimoriadnej striedmosti, ktorá do svojej výzdoby začleňuje prvky s platerézskymi reminiscenciami, čo je aspekt, ktorý z chrámu robí najlepšiu náboženskú stavbu v Guadalajare.
V stavbách zodpovedajúcich civilnej architektúre sa nachádzajú niektoré obdivuhodné budovy, medzi ktorými môžeme spomenúť Vládny palác, staré kráľovské domy, ktoré boli upravené v 18. storočí na základe projektu vojenského inžiniera Juana Franciska Espina, hoci fasáda bola dielo Miguela Josého Conique. Budova bola koncipovaná v podstate v barokovom slohu, už v nej sú však badateľné určité neoklasické tendencie. V areáli fungovali kráľovské kancelárie, ktoré boli v zaniknutom paláci Palacio de Medrano, a audienčné sály.
Máme tu aj Koncilný seminár zasvätený San Josému, ktorý slávnostne otvoril biskup Galindo y Chávez v roku 1701 a ktorý dnes obýva Regionálne múzeum v Guadalajare s hlavným kláštorom toskánskych stĺpov a barokovými vchodmi. Slávne Hospicio Cabañas postavené na začiatku 19. storočia podľa plánov slávneho architekta Manuela Tolsej, režijného diela Josého Gutiérreza a dokončeného po rokoch architektom Gómezom Ibarrom, ktoré predstavuje pozoruhodný príklad neoklasicistického štýlu.
Z ďalších menších stavieb, ktoré zabezpečovali štylistickú jednotu mesta Guadalajara, môžeme spomenúť, aj keď nie všetky sa zachovali: honosný kaštieľ zo 16. storočia, ktorý stál pred niekdajším námestím San Sebastián v susedstve Analco. Dom na ulici Calle de la Alhóndiga č. 114, v súčasnosti Pino Suárez. Sídla patriace rodine Sánchez Leñero na čísle 37 a sídla pána Dionisia Rodrígueza na čísle 133 na Calle de Alcalde. Dom Calderón, tradičný obchod s koloniálnymi cukrovinkami, založený v roku 1729 a umiestnený na rohu starých ulíc Santa Teresa a Santuario, dnes Morelos a Pedro Loza; to Francisco Velarde, v neoklasicistickom štýle, a nakoniec ten, ktorý bol kaštieľom Cañedo, ktorý sa nachádza pred zadnou časťou katedrály.
V blízkosti Guadalajary, tretieho najdôležitejšieho mesta v krajine, je staré mesto San Juan Bautista Melzquititlán, dnes San Juan de los Lagos. Toto mesto sa stalo dôležitým náboženským centrom vďaka veľkej zázračnej tradícii obrazu Panny Márie, ktorý zachováva jeho baziliku, postaveného v polovici 17. storočia donom Juanom Rodríguezom Estradom. V tom istom meste môžete vidieť ďalšie stavby, ako napríklad chrám tretieho rádu, kaplnka Kalvária, kaplnka prvého zázraku, ktoré pochádzajú zo 17. a 18. storočia. Obyvateľstvo tiež žije v dôležitých občianskych budovách, ako je napríklad Palác vysokej školy a budova desiatkov.
V meste Lagos de Moreno môžete vidieť jeho hlavnú farnosť, dielo zo 17. storočia s nádhernou fasádou v štýle Churrigueresque.
Napokon v San Pedro Tlaquepaque nájdete niektoré príklady barokovej náboženskej architektúry v regióne, napríklad farnosť San Pedro a chrám Soledad.
