Hidalgo odišiel do Aguascalientes a smeroval do Zacatecas. Tu sa zistilo, že hlavní vodcovia s najlepšími jednotkami a peniazmi odišli do USA.
Už na ceste ich zajali monarchisti 21. marca v Norias del Baján alebo Acatita del Baján. Hidalgo bol prevezený do Monclovej, odtiaľ odišiel 26. marca cez Alamo a Mapimí a 23. vstúpil do Chihuahua. Potom sa sformoval proces a 7. mája sa prijalo prvé vyhlásenie. Cirkevný charakter Hidalga spôsobil, že jeho proces sa oneskoril viac ako jeho spoločníkov.
Rozsudok za povýšenie bol vyhlásený 27. júla a 29. júla bol vykonaný v Kráľovskej nemocnici, kde bol uväznený Hidalgo. Vojnová rada odsúdila väzňa, aby bol ozbrojený, nie na verejnom mieste ako jeho spoločníci, a strelil ho do hrude a nie do chrbta, čím si uchoval hlavu. Hidalgo túto vetu počul pokojne a pripravil sa na smrť.
Jeho posledný deň bol opísaný takto: „Vo svojom väzení mu boli doručené čokoládové raňajky a po ich prijatí prosil, aby namiesto vody dostal pohár mlieka, ktorý bol zakončený mimoriadnym prejavom chuti do jedla a potešenia. O chvíľu mu povedali, že nadišiel čas ísť na mučenie; Počul to bez zmeny, vstal a vyhlásil, že je pripravený odísť. V skutočnosti vyšiel z ohavnej kocky, v ktorej bol, a keď od nej postúpil o pätnásť alebo dvadsať krokov, na chvíľu sa zastavil, pretože strážny dôstojník sa ho opýtal, či mu bolo ponúknuté niečo na zlikvidovanie ako posledné; Na to odpovedal áno, že chce, aby mu priniesli nejaké sladkosti, ktoré mu zostali na vankúšoch: skutočne ich priniesli a keď ich rozdelili medzi tých istých vojakov, ktorí ho mali páliť a pochodovali za ním, povzbudil ich a potešil ich odpustením a jeho najsladšie slová robiť svoju prácu; A keďže dobre vedel, že mu bolo nariadené, aby si nevystrelil hlavu, a obával sa, že bude veľa trpieť, pretože bol stále súmrak a objekty neboli jasne viditeľné, na záver uviedol: „Pravá ruka, ktorú si priložím na hruď, bude „Moje deti, bezpečný cieľ, ku ktorému musíte ísť“.
"Lavička mučenia bola umiestnená vo vnútornej ohrade spomínanej školy, na rozdiel od toho, čo sa stalo s ostatnými hrdinami, ktorí boli popravení na námestí za budovou a kde je dnes pamätník." to nám pripomína jeho a nový obchodný dom, ktorý niesol jeho meno; a keď Hidalgo vedel o mieste, na ktoré bol určený, pochodil pevným a vyrovnaným krokom a bez toho, aby mu nechal zaviazať oči, modlil sa silným a vrúcnym hlasom žalm Miserere me; Dorazil na lešenie, pobozkal ho rezignovane a s rešpektom a napriek určitej hádke, ktorá ho neprinútila sedieť otočený chrbtom, sa posadil čelom k prednej časti, potvrdil svoju ruku na srdci a pripomenul vojakom, že toto je bod, kde by ho mali zastreliť, a o chvíľu nato explodoval výboj piatich pušiek, z ktorých jedna efektívne prepichla pravú ruku bez toho, aby zranila srdce. Hrdina, takmer neprístojný, napínal svoju modlitbu a ich hlasy stíchli, keď opäť odpálili ďalších päť puškových náhubkov, ktorých guľky okolo tela zlomili putá, ktoré ho zväzovali k lavičke, a muž spadol do jazera krvi, ešte nezomrel; k záveru o tejto drahocennej existencii, ktorá rešpektovala smrť viac ako 50 rokov, boli potrebné ďalšie tri guľky. ““
Jeho hlava bola s hlavami Allendeho, Aldama a Jiméneza umiestnená v železných klietkach v rohoch Alhóndiga de Granaditas na Guanajuato. Telo bolo pochované v treťom poradí v San Franciscu de Chihuahua a v roku 1824 bol kmeň a hlava prinesené do Mexika, aby ich pochovali s veľkou vážnosťou.
