Narodil sa v štáte Ozumba v Mexiku v roku 1737. Prijal náboženskú dráhu a ako dvadsaťročný bol vysvätený za kňaza.
Napriek svojmu filozofickému vzdelaniu sa od veľmi mladého veku zaoberal znalosťami a aplikáciou prírodných vied, fyziky, matematiky a astronómie. Hodnotné práce s vedeckou tematikou publikuje v novinách a časopisoch svojej doby. Získal medzinárodné renomé a bol označený za zodpovedajúceho partnera Parížskej akadémie vied. Veľa času venuje vedeckým experimentom a zostavuje rozsiahlu knižnicu. Je zberateľom archeologických kúskov a vzácnych exemplárov rastlín a živočíchov. Preskúmajte Xochicalco. Na počesť jeho založenia bola v roku 1884 založená Vedecká spoločnosť Antonia Alzateho, ktorá sa v roku 1935 stala Národnou akadémiou vied. Jeho najznámejšou redaktorskou prácou sú poznámky k dávnym dejinám Mexika od jezuitu Francisca Javiera Clavijera. Hovorí sa, že je vzdialeným príbuzným Sor Juana Inés de la Cruz. Zomrel v Mexico City v roku 1799.
