Lekár a učiteľ Sebastián Roldán y Maldonado podľa vôle dal v roku 1735 svoje bohatstvo 26 000 pesos na misie jezuitov vo svete Nového Španielska.
Jeho sestra, pani Ángela Roldán, vdova po H. (O) rdeñane, sa po rokoch, v roku 1743, rozhodla z rovnakého dôvodu pridať k odkazu svojho brata 50-tisíc pesos. Nadriadení sa potom rozhodli získať v Pueble pozemok susediaci s námestím Guadalupe, aby tu mohli postaviť kostol a školu v San Franciscu Javier, posledné dôležité dielo Spoločnosti Ježišovej v tomto meste a v Mexiku pred ich vylúčením.
Medzi 1. a 13. decembrom 1751 sa konalo otvorenie kostola a školy, aby sa, podobne ako v San Gregorio de México, medzi domorodcami rozdávala kresťanská náuka a prvé listy, aby sa vykonávali misijné práce v štvrtiach Angelópolis a v r. Sierra de Puebla, ako aj trénovať jezuitov v prírodných jazykoch. V prvých rokoch mala viac ako 200 študentov.
Tam pracoval ako indický robotník od roku 1761, podľa záznamov najslávnejšia osobnosť svojej doby: Francisco Javier Clavijero (1731-1787), významný a úctyhodný jezuita v dejinách ideí, predchodca našej závislosti, iniciátor a exalter nášho silného domorodého kultúrneho dedičstva, reformátora modernej filozofie Mexika a výučby prírodovedy, kvôli „chápaniu vlasti ako reality odlišnej od Španielska“ a pre jej permanentnú a citlivú lekciu lásky k tomu, čo je naše.
Clavijero už bol v Pueble a pred rokmi v San Jerónimo, San Ignacio, EI Espíritu Santo a San Ildefonso, rozhodujúci pre jeho humanistický výcvik. Vrátil sa do San Javier po tom, čo objavil úžasné dedičstvo, ktoré zanechal Carlos de Sigüenza y Góngora v Colegio de San Pablo de la Vieja México-Tenochtitlan, ktoré určite priťahovala pôvodná veľkosť, kultúrne korene Mexika. Predpokladá sa, že tento jezuita sa naučil Nahuatl v San Javier, čo by mu umožnilo napísať jeho základné starodávne dejiny Mexika do exilu.
Jeho pobyt v Pueble nepochybne prispel k vytvoreniu tejto pozoruhodnej osobnosti, ktorá z Angelopolisu prešla do Valladolidu (Morelia), kde jeho učenie neskôr ovplyvnilo formovanie národných dejateľov, ako napríklad Miguela Hidalga y Costillu.
Kostol San Javier, postavený v osemnástom storočí, bol jednou z najkrajších budov ignaciánskeho rádu v Pueble, jeho výzdoba je každého vkusu, jeho arogantná kupola má jednu vežu, nádherné obrazy fasády troch tiel rozmarný Doric, hovorí Marco Díaz. Jeho arkády a terasa boli anarchicky transformované v roku 1949 a zostal z nich iba bočný vchod zaujímavých tvarov.
V apside bol pozlátený oltárny obraz vynikajúceho a vynikajúceho spracovania, v strede ktorého bol umiestnený pod krásnym rovnako veľkým pavilónom nádherná podobizeň svätého Františka Xaverského. Podľa doktora Efraína Castra sú autormi tohto oltárneho obrazu tí istí, ktorí vytvorili ten v Tepozotláne: Miguel Cabrera a Higinio de Chávez.
Chrám bol opustený vyhnaním jezuitov v roku 1767; O 28 rokov neskôr, v roku 1795, sa hovorí o jeho veľkom zhoršení a nasledujúci rok Antonio de Santa María Inchaurregui komentuje jeho opravu. Konečné miesto určenia jeho umeleckého bohatstva nie je v súčasnosti známe, napríklad oltárne obrazy s postavami svätých Josého a Ignacia a pozoruhodné guatemalské diela. Na obale San Javier sa pri čistení jeho kameňov ako nemí svedkovia objavili dopady šrapnelov prijatých na mieste Puebla v roku 1863.
Na základe zákona vydaného Kongresom únie sa San Javier 13. januára 1834 stal majetkom vlády štátu Puebla. V tom čase bola vedľa chrámu a vysokej školy postavená nová štátna väznica v súlade s ustanoveniami zákona. s plánmi veľkého architekta a renovátora Puebla Josého Manza (1787-1860) na spôsob trestu v Cincinnati. Tento projekt, ktorý bol vo svojej dobe mimoriadne pokročilý, zahŕňal workshopy zamerané na rehabilitáciu väzňov, ktoré ich udržiavali aktívnych a poskytovali prostriedky na podporu ich rodín.
Počiatočná zásluha tejto práce zodpovedá generálovi Felipe Codallosovi, guvernérovi štátu v rokoch 1837-1841, ktorý položil prvý kameň 11. decembra 1840. Stavebný pokrok bol pozoruhodný až do roku 1847, kedy bol prerušený a vážne ovplyvnený rozumom americkej intervencie. V roku 1849 s guvernérom Juanom Mújica y Osorio boli práce obnovené, ale nový zásah, dnes francúzsky, opäť zastavil výstavbu.
Po vznešenom víťazstve 5. mája 1862 a po jeho obsadení kasárňami Joaquín Colombres z Puebly premenil väznicu na Fort Iturbide na obranu mesta a stal sa hrdinským obkľúčením roku 1863. San Javier, pre jeho Čiastočne od 18. do 29. marca toho roku to bola veľmi dôležitá bašta, kde mexické jednotky napísali jeden zo svojich najlepších eposov, hoci budova bola bombardovaním takmer úplne zničená.
O rok neskôr, v roku 1864, silné zemetrasenie výrazne poškodilo väzenský komplex a budovu San Javier, z ktorej spadla jeho jediná veža.
13. decembra 1879 sa skupina poblanos ujala úlohy pokračovania a dokončenia veľkého diela a vytvorila výbor pre obnovu, ktorý generál Juan Crisóstomo Bonilla (guvernér v rokoch 1878 - 1880) sponzoroval dekrétom štátneho kongresu. Práce sa začali 5. februára 1880 pod vedením architekta Puebla Eduarda Tamariza a Juana Calvu y Zamudia, ktorí rešpektovali pôvodné pokyny Josého Manza.
S neskoršími guvernérmi subjektu (generálmi Juan N. Méndez, ktorý vládol v roku 1880 a Rosendo Márquez, ktorý to urobil v rokoch 1881 až 1892) bola nekonečná práca ukončená. Rekonštrukcia bola takmer hotová: pánske a dámske byty, klenby, schodiská, kancelárie, 36 pavilónov a pol tisíc buniek.
1. apríla 1891 bol v štáte zrušený trest smrti - prvý v krajine -, bol vytvorený Výbor na ochranu väzňov a boli urobené rôzne reformy trestného zákona subjektu a nasledujúci deň Porfirio Díaz, prezident Republika uviedla do výkonu trestu.
Pokiaľ ide o náklady na jeho výstavbu, treba spomenúť nasledujúce údaje: v roku 1840 bol ustanovený osobitný príspevok vo výške 2,5% na predaj liehovín a v roku 1848 bola pulquerías stanovená kvóta 2 reales se manarios, “ dane “, ktoré nikdy neboli dostatočné na túto skvelú prácu. V rokoch 1847 až 1863 sa investovalo 119 540,42 pesos a v rokoch 1880 až 1891 sa vynaložilo 182 085,14.
Obce mesačne zabezpečovali údržbu väzňov z ich regiónu. Ročné výdavky väznice v prvých rokoch boli viac ako 40 tisíc pesos. V roku 1903 založili lekári Gregorio Vergara a Francisco Martínez Baca v inštitúcii antropometrické a kriminalistické laboratórium a múzeum s viac ako 60 lebkami väzňov, ktorí zomreli vo väzení, v súčasnosti vo väzbe úradu INAH.
Budova San Javier mala rôzne využitie: kasárne, sklad, vojenská nemocnica, nemocnica pre epidémie, hasičská zbrojnica, obecné elektrické oddelenie a jedáleň väznice, pre ktoré bola postupne zničená. V roku 1948 bola na nádvorí a arkádach San Javier nainštalovaná štátna škola, ktorá vážne poškodila architektonický komplex, a v roku 1973 a v posledných rokoch boli vážne zasiahnuté jej klenby.
Väznica Puebla bola v prevádzke do roku 1984, roku, v ktorom guvernér štátu Guillermo Jiménez Morales usporiadal populárnu konzultáciu s cieľom ponechať rozhodnutie o použití a určení týchto historických budov v rukách obyvateľov mesta Puebla, v jednom z ktorých žiarila talent Francisca Javiera Clavijera, naše domorodé jazyky sa rozšírili a okrem bizarnej obrany národnej integrity v oboch sa uskutočnila dôležitá vzdelávacia práca, prinajmenšom dvakrát. Obyvatelia Puebly jednomyseľne požiadali výkonnú moc, aby prerobila väznicu a zachránila San Javier, aby ich venoval kultúrnym aktivitám a ako bohaté svedectvá nevyhnutné na udržanie živej historickej pamäti Puebly.
